Президиум Конгресса является постоянно действующим коллегиальным органом управления, определяющим стратегические направления работы Конгресса.
В настоящее время в составе Президиума Конгресса - 44 человека с правом решающего голоса.
Также избраны Почетные члены Президиума из числа российских государственных и общественных деятелей, внёсших значительный вклад в государственное строительство и развитие местного самоуправления.
В составе Президиума Конгресса представлены муниципальные сообщества всех федеральных округов и все виды муниципальных образований, руководители профильных министерств, депутаты Государственной Думы, ведущие эксперты по вопросам местного самоуправления.